La MRC, personne morale de droit public, est une municipalité au même titre qu'une municipalité locale. Elle est représentée par un Conseil qui exerce ses droits et devoirs et est composée des maires des 20 municipalités de son territoire plus une personne représentant la municipalité d'où est issu le préfet.
Le préfet préside le Conseil et il est élu pour un mandat de deux ans parmi les maires composant le Conseil.
Voici la composition actuelle du conseil de la MRC Bellechasse:
| Élus | Titre et municipalité | Courriel |
| Clément Fillion | Préfet et maire de Saint-Nazaire-de-Dorchester |
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| Denise Dulac | Préfète suppléante et mairesse de Sainte-Claire | |
| Sarto Roy | Maire d'Armagh | |
| David Christopher | Maire de Beaumont | |
| Luc Dion | Maire de Honfleur | |
| Yvon Dumont | Maire de La Durantaye | |
| Jean-Yves Turmel | Maire de Notre-Dame-Auxiliatrice-de-Buckland | |
| Yves Turgeon | Maire de Saint-Anselme | |
| Martin Lacasse | Maire de Saint-Charles-de-Bellechasse | |
| Sébastien Bourget | Maire de Saint-Damien-de-Buckland | |
| Manon Goulet | Mairesse de Saint-Gervais | |
| Germain Caron | Maire de Saint-Henri | |
| Martin J. Côté | Maire de Saint-Lazare-de-Bellechasse | |
| Bernard Morin | Maire de Saint-Léon-de-Standon | |
| Denis Laflamme | Maire de Saint-Malachie | |
| Éric Tessier | Maire de Saint-Michel-de-Bellechasse | |
| Jacques Bruneau | Maire suppléant et représentant de Saint-Nazaire-de-Dorchester | |
| Pascal Fournier | Maire de Saint-Nérée-de-Bellechasse | |
| Daniel Pouliot | Maire de Saint-Philémon | |
| Gilles Breton | Maire de Saint-Raphaël | |
| Christian Lacasse | Maire de Saint-Vallier |