Comme tout organisme public ou privé, la MRC possède un service dédié à l'administration générale et à la supervision de l'ensemble des services.
Les responsabilités de ce service ont augmenté au fil des ans avec l'accroissement des responsabilités dévolues aux MRC. La MRC de Bellechasse a donc procédé en 2023 à la création d'un Service administratif. Ce nouveau Service supervise la comptabilité, la cour municiale, le transport de personnes ainsi que la sécurité incendie.
Soulignons aussi que la MRC est propriétaire du centre administratif Bellechasse. Cet immeuble à bureaux d'une superficie de 3790 m2 abrite les bureaux de la MRC ainsi que le Centre intégré de santé et de services sociaux de Chaudière-Appalaches (CLSC de Saint-Lazare), le Centre local d'emploi (CLE) et Développement économique Bellechasse (DEB).